Farmaceutická fakulta byla součástí Masarykovy univerzity v letech 1952 až 1960, kdy byla rozhodnutím stranických orgánů zrušena a farmaceutické studium bylo sloučeno s již existujícím farmaceutickým studiem v Bratislavě. Fakulta byla obnovena až v roce 1991, a to jako součást tehdejší Vysoké školy veterinární, dnešní Veterinární a farmaceutické univerzity Brno.

Farmaceutické vzdělání jde ruku v ruce se vzděláním medicínským. V dnešní době je nezbytná velmi úzká součinnost medicíny a farmacie s cílem personalizovaného přístupu k pacientovi. Tento personalizovaný přístup může mít značný dopad na zdravotnictví, zejména s ohledem na možnou značnou ekonomickou úsporu v souvislosti s účelnou a racionální farmakoterapií. Zcela na místě je tedy úvaha o jejich vzájemné komplementaritě.

Farmaceutická fakulta bude moci díky přesunu pod Masarykovu univerzitu využívat zázemí nejen fakultních nemocnic a těsného kontaktu s pacientem, ale také velmi silné vědeckovýzkumné zázemí s perspektivou dalšího rozvoje jak Farmaceutické fakulty, tak i vlastních farmaceutických disciplín. Současně jsou na Masarykově univerzitě velmi rozvinuté obory přírodovědného směru, které farmacie využívá pro následný rozvoj vlastních farmaceutických disciplín, i Centrum léčivých rostlin, které v minulosti vzniklo právě v souvislosti s farmaceutickým vzděláváním.